农业综合开发主要扶持农业主产区，重点扶持粮食主产区。农业主产区按主要农产品产量和商品量以省为单位确定。 非农业主产区的省应确定本地区重点扶持的农业主产县（包括不设区的市、市辖区、旗及农场，下同）。
    土地治理项目以中低产田改造为重点，结合优势农产品产业带建设，建设旱涝保收、稳产高产基本农田。坚持山水田林路综合治理，农业、林业、水利措施综合配套，实现经济、社会、生态效益的统一。土地治理项目扶持对象应以农民为重点。
    产业化经营项目应参照国家制定的优势农产品区域布局规划，根据当地资源优势和经济发展状况，确定重点扶持的优势农产品产业。通过加强优势农产品基地建设，扶持产业化龙头企业，提高农业生产组织化程度和农业产业化经营水平。 产业化经营项目扶持的对象包括国家级和省级农业产业化龙头企业（含省级农发机构审定的龙头企业）以及农民专业合作组织等。
    由国家农发办确定纳入扶持范围的农业综合开发县，并按照“总量控制、适度进出、奖优罚劣、分级管理”的原则进行管理。